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移动方舱实验室污水处理设备的原理是将高浓度废酸碱液中和后排放到中性。高浓度有机溶剂中含有少量被测物质和其他试剂，应回收利用。回收利用的高浓度废水应集中储存回收，低浓度废水处理后排放，储存容器和储存条件应根据废水的性质确定。不同的废水一般不允许混合，避免光照，远离热源，避免不良化学反应。废水储存容器必须贴上标签，标明类型和储存时间。

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化验室污水处理设备用生物触摸氧化法，其填料的体积负荷比较，微生物处于本身氧化期间，产泥量少，仅需三个月(90)以上排一次泥(用粪车抽吸或脱水成泥饼外运)。

生物实验室污水处理可以回收部分有用物质，作到废物利用，又可以节省实验开支。无疑是一项很有意义的工作。